Falsafah USIM sejak dari awal penubuhannya ialah “Paduan antara ilmu naqli dan aqli serta budi pekerti yang mulia adalah teras utama membentuk generasi cemerlang dan masyarakat berilmu”. Falsafah ini menjadi panduan kepada Universiti dalam menubuhkan fakulti, membangunkan program akademik, merangka aktiviti kokurikulum dan pembangunan pelajar serta menentukan hala tuju pembangunan Universiti.

Dalam konteks pembangunan kurikulum, USIM mengambil pendekatan mengintegrasikan ilmu naqli yang berteraskan pengajian Islam dan aqli yang bersumberkan ilmu kontemporari dalam program pengajian yang ditawarkan. Setiap kursus diberi ruang untuk mengaplikasikan integrasi naqli dan aqli. Dalam konteks ini, USIM terus memacu ke hadapan melalui pengenalan kaedah penaksiran pelaksanaan integrasi ilmu naqli dan aqli yang dibangunkan oleh Pusat Integrasi Ilmu Naqli dan Aqli (PIINA).

Dalam masa yang sama, penawaran kursus berorientasikan turath ini mampu membentuk warga kampus yang seimbang dalam merealisasikan hasrat USIM mengintegrasikan antara ilmu naqli dan aqli (al-Muhāfazah cala al-Qadīm al-Sālih wa al-Akhdh bi al-Jadīd al-Aslah) yang bermaksud memelihara perkara lama yang baik berserta mengambil perkara baharu yang lebih baik. Pembudayaan turath turut mampu merintis hasrat Kampus Barakah dengan amalan yang berpaksikan ilmu yang absah. Fokus USIM kepada pengajian turath ini mampu memberi impak yang besar di peringkat nasional mahupun antarabangsa melalui siswazah yang dihasilkan daripada acuan integrasi ilmu naqli dan aqli. Maka fakulti-fakulti awal ditubuhkan selaras dengan usaha dan matlamat ini.